El pimentón dentro de los invernaderos se puede sembrar en el suelo si este está libre de enfermedades y necesariamente debe ser mejorado para aumentar su fertilidad y propiedades físicas. De lo contrario hay que recurrir a canteros con sustratos artificiales. En el artículo sobre sustratos se discute a profundidad este tema. Dentro de los sustratos hay cierta preferencia por los sustratos orgánicos, sin embargo el pimentón se puede sembrar en sustratos inertes como la perlita o el aserrín de coco, incluso se puede sembrar hidropónicamente en sistemas como el NFT. El drenaje es muy importante y deben evitarse encharcamiento de agua, el pimentón es susceptible a la Ralstonia solanacearum, a la Phythophthora y al Phythium, estas tres enfermedades hacen desastres cuando hay agua encharcada.
La producción de plantas para sembrar pimentón dentro de los invernaderos debe hacerse en invernaderos para plántulas, con bandejas y sustratos artificiales. La distancia de siembra dentro del invernadero depende de múltiples factores como el vigor de la planta, también depende del tiempo que deseamos que el pimentón permanezca en el mercado, los Chilenos buscan un pimentón que entre en producción rápido antes de que entre la primavera y empiece la producción de pimentones sembrados a campo abierto, por otro lado los Venezolanos buscan un pimentón que se siembre en febrero y dure su producción toda la temporada de lluvias, llegando la cosecha incluso hasta diciembre cuando históricamente el pimentón adquiere los mejores precios. Los Chilenos en consecuencia sembrarán sus pimentones mas apretados que los Venezolanos. Cuando en Venezuela siembran el pimentón tan apretado como los Chilenos entonces deben hacer dos siembras en el año. La distancia de siembra también va a depender del tipo de poda que harán a los cultivos, en el sistema Holandes se conduce al pimentón con uno dos ejes, podando el resto de las ramas, pero con el uso de la malla trepadora y por el alto costo de la mano de obra en Venezuela se ha ido institucionalizando no hacer poda y dejar las plantas a libre crecimiento. Una recomendación general pero haciendo todas las salvedades que discutimos en los párrafos precedentes es de 40 cm entre plantas en hileras dobles y 2 m entre hileras, para una población de 25.000 plantas por hectárea, lo que equivale a 7.500 plantas en un invernadero de un cuarto de hectárea.
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